分子标记的概念有广义和狭义之分。广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。

分子标记的概念

  分子标记(Molecular Markers)是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平遗传多态性的直接的反映。与其他几种遗传标记——形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比,DNA分子标记具有的优越性有:大多数分子标记为共显性,对隐性的性状的选择十分便利;基因组变异极其丰富,分子标记的数量几乎是无限的;在生物发育的不同阶段,不同组织的DNA都可用于标记分析;分子标记揭示来自DNA的变异;表现为中性,不影响目标性状的表达,与不良性状无连锁;检测手段简单、迅速。随着分子生物学技术的发展,现在DNA分子标记技术已有数十种,广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。

理想的分子标记必须达以下几个要求

(1) 具有高的多态性;          (2) 共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;

(3) 能明确辨别等位基因;                                             (4) 遍布整个基因组;

(5) 除特殊位点的标记外,要求分子标记均匀分布于整个基因组;      (6) 选择中性(即无基因多效性);

(7) 检测手段简单、快速(如实验程序易自动化);                 (8) 开发成本和使用成本尽量低廉;

(9) 在实验室内和实验室间重复性好(便于数据交换)。

        但是,目前传统应用的聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,因仪器配备普遍,要求低。所以大部分科研用户还是用该方法进行相应的实验数据处理,在此我们为客户推荐提供荧光标记的多重PCR方法,它可以实现结果准确,实验周期短,实验程序自动化,数据可重复性强,批量实验单位成本低等特点。

分子标记-STR/SSR/微卫星分析/AFLP
 
服务编号 方法 内容说明 价格 周期
HKSTR01 微卫星引物开发 开发未知基因组序列物种的具有多态性的微卫星引物 询价 2-3月
HKSTR02 SSR引物筛选 筛选适合荧光检测的引物 询价 1-2月
HKSTR03 引物设计与合成 荧光标记的引物 询价 1周
HKSTR04 PCR条件优化 单重或多重PCR 询价 1-2周
HKSTR05 PCR扩增 荧光或非荧光 询价 1-4周
HKSTR06 测序仪检测 ABI3730XL对单色或多色荧光标记DNA片段进行分析检测 询价 2-7工作日
HKSTR07 原始数据分析 将原始数据分析为基因型 询价 1工作日-2周
HKSTR08 群体遗传学各指标分析 遗传距离、聚类分析、哈温平衡、关联分析、连锁图构建等 询价 1-2周
HKSTR09 AFLP检测 ABI3730XL检测和数据分析 询价 2-5工作日

背景介绍
微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位基因可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。华科鉴联基因科技基于为数百家客户提供优质服务的经验,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标对目的DNA片段长度进行计算,使STR分型变得自动化、高效、快捷,结果也更加精确。

项目介绍

     1微卫星(SSR/STR)引物开发
      
通过富集微卫星序列,开发出具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证,最 终提交10对具有多态性的微卫星引物。

     2.微卫星引物筛选
选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。
 
     3样本批量扩增
  用带有荧光标记(FAMHEXTMRROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。华科鉴联基因科技拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。

     4.ABI测序仪检测
  带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件)。
 
2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱
 
     5.原始数据分析
  编制panelbin等文件,使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3
       6  遗传学指标分析
 
 
    各遗传分析软件:
        1、   Cervus软件:等位基因数,观测杂合度,期望杂合度,多态信息含量等
        2、   Genepop软件:是否偏离Hardy-Weinberg平衡,判断连锁不平衡位点,评估种群间遗传分化指数
        3、  Popgene软件:基因频率,等位基因数,Nei’遗传多样性,基因流,遗传距离,遗传分化,聚类分析等
        4、   ARLEQUIN软件:AMOVA分析,种群间遗传分化等
        5、   STRUCTURE软件:种群结构模式
        6、   FSTAT软件:等位基因频率,等位基因数,等位基因丰富度,基因多样性,近交系数,种群分化等
        7、   Bottleneck软件:种群动态分析

 

服务项目

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